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FFFTPでファイル転送するとファイルサイズが変わる

「FFFTP」を使用してテキストファイルを転送していたら、何故か転送後のファイルサイズが転送元より増えているという現象が起きていました。文字コードなどの設定を色々試しても結局解決出来なかったので、FTPソフトを「WinSCP」に変えて試してみたら特にオプションの設定も不要でファイルサイズも変わらずに転送出来ました。
調べてみたら転送後のファイルサイズが変動する原因としては、「WindowsとUnix系OSの改行コードの違い」という説が有力みたいですが、ファイルサイズが変わるのはどうも気持ちが悪いので、今後は「WinSCP」を使用する事にします。