使用しているWinMergeのバージョンによってはUTF-8のファイルを比較する場合は基本的にS-JISで表示するため、日本語の箇所が文字化けして表示される場合があります。
そういう場合はデフォルトの文字コードを変更する事で解消する事が出来ます。

環境

• WinMerge Version 2.14.0.37+-jp-37

文字コードの設定手順

今回はデフォルトコードページをUTF-8に変更する手順をご紹介します。
1. メニューから「編集」⇒「設定」を選択します。
   
2. オプション画面で「コードページ」を選択し、デフォルトコードページで「カスタムコードページ」を選択し、「65001 – Unicode(UTF-8)」を選択して「OK」ボタンを選択します。
   

補足

上記で指定した「65001」というのは文字コード番号を表します。
一般的に使用されるコードは以下の通りです。


文字コード番号	文字コード
932	SHIFT-JIS
20932	EUC-JP
65001	UTF-8


※文字コード番号の詳細については下記ページが参考になります。
Microsoft Code Page Identifiers